今回どうしてもPageNavigationが動かなくなってしまったのでPlug-inを使用しない方法を試したらうまく動いたので記事にしておきます。

function.phpに下記コードを追加

function page_navigation() {
    global $wp_rewrite;
    global $wp_query;
    global $paged;
    $paginate_base = get_pagenum_link(1);
    if(($wp_query->max_num_pages) > 1):
            if (strpos($paginate_base, '?') || ! $wp_rewrite->using_permalinks()) {
                    $paginate_format = '';
                    $paginate_base = add_query_arg('paged', '%#%');
            } else {
                    $paginate_format = (substr($paginate_base, -1 ,1) == '/' ? '' : '/') .
                    user_trailingslashit('page/%#%/', 'paged');;
                    $paginate_base .= '%_%';
            }
            $result = paginate_links( array(
                    'base' => $paginate_base,
                    'format' => $paginate_format,
                    'total' => $wp_query->max_num_pages,
                    'mid_size' => 3,
                    'current' => ($paged ? $paged : 1),
            ));
            echo '

PageNavigationの有効化、以下のPHPを変更
archive.php
category.php
index.php
tag.php
search.php

<!--?php twentyeleven_content_nav( 'nav-below' );-->
↓
<!--?php wp_pagenavi(); ?-->

style.cssに下記を追加

.tablenav {
	color: #2583ad;
	background:white;
	margin: 1em auto;
	line-height:2em;
	text-align:center;
}

a.page-numbers, .tablenav .current {
	color: #00019b;
	padding: 2px .4em;
	border:solid 1px #ccc;
	text-decoration:none;
	font-size:smaller;
}

a.page-numbers:hover {
	color:white;
	background: #328ab2;
}

.tablenav .current {
	color: white;
	background: #328ab2;
	border-color: #328ab2;
	font-weight:bold:
}

.tablenav .next, .tablenav .prev {
	border:0 none;
	background:transparent;
	text-decoration:underline;
	font-size:smaller;
	font-weight:bold;
}

これでこんな感じで表示されました。

参考にさせていただいた記事
http://www.yuriko.net/arc/2008/07/26/navigation/ 
http://design-plus1.com/2010/10/page-navigation.html

なおなぜかエラーになったPlug-inはThumbnail For Excerptsで入れ直したら復活しました。なぜだろう…

• 抜粋表示にする（content.phpを変更、子Themeに置いたFileははNGだった）

  <?php the_content( __( 'Continue reading <span class="meta-nav">→</span>', 'twentyeleven' ) ); ?>
  ↓
  <?php the_excerpt(); ?>

• 抜粋表示にする（Plug-in）
  evermoreというPlug-inを使用
  文字数を設定できる。
  thumbnail表示用のPlug-inが有効にならないので却下

• ヘッダー画像の高さを変更＆シングルポストにWidgetを表示
  Plug-in使用　TwentyelevenThemeExtension
  
• PageNavigationの有効化、以下のPHPを変更
  archive.php
  category.php
  index.php
  tag.php
  search.php

  <?php twentyeleven_content_nav( 'nav-below' ); ?>
  をコメントアウト
  <?php /*twentyeleven_content_nav( 'nav-below' );*/ ?>
  
  PageNavigationの記述を上記コードの真下に記入
  <?php wp_pagenavi(); ?>

Twenty Ten 1.3との違い
・Archiveで注釈表示しない
・フッターウイジェットが３つ
・シングルページでウイジェットがない
・カラフル（文字色とか）
・ヘッダー画像がでかい

特にTwenty Ten 1.3が特別嫌いなわけではなくちょっとカラフルなのが良かったのとやはり現在のデフォルトテーマということで使ってみました。

オリジナルからの変更点
・ヘッダー画像の変更：Plug-in>Resize Twenty Eleven Header
・PageNavigationの表示 ：各PHPの変更
<?php twentyeleven_content_nav( ‘nav-below’ ); ?>

をコメントアウト
<?php /*twentyeleven_content_nav( ‘nav-below’ );*/ ?>

PageNavigationの記述を上記コードの真下に記入
<?php wp_pagenavi(); ?>

archive.php
category.php
index.php
tag.php
search.php

・コンテンツ幅の変更　?? ：CSSFileの変更（参考サイト）
・リンク文字色の変更　? ：Plug-in>TwentyElevenTheme Extensions

マルチサイトを止めたので太郎のブログも更新しなくてはいけなくなりちょっと手間がかかりましたがなんとかこのままでいきたいと思います。

画像に枠をつけるっていうのでちょっと苦労しました。
最初/*style*/のimgにborderとかつけてみたんですけど全部の画像に反映してしまうことが判明。
ヘッダーの 画像まで枠がついてしまう・・・・
/*image*/のところに
.post img {display: inline-block;
padding: 0.25em 0.4em;
background-color: #f5f5f5;
border: 1px #ddd solid;
で解決しました。

それからヘッダー画像がスライドしない現象が・・・
いろいろ試してみたらプラグインの相性みたいです。
Snap Shots™ Integrator?が有効になっていると駄目みたいです。

あとマルチサイトにしているのですが、ロゴが共通なので画像は使いませんでした。
なんかやり方があるのだろうけど・・・
それとこのテーマによる物ではないかもしれませんが、サブサイトの投稿がありませんってなってしまいました。
パーマリンクをデフォルトにしてないと駄目みたいです。原因不明・・・

いろいろプラグイン対応されているので 後で設定する必要が無く楽です。

• 送信フォーム（Contact Form 7）※CSS設定済み
• スライドイメージ（WP-Cycle）※トップページに設定済み
• パンくずリスト（Breadcrumb NavXT）※2階層目以降に設定済み
• アクセス解析（Ultimate Google Analytics）
• 毎日のバックアップ（WP-DBManager）※復元ポイントとして
• 毎月のバックアップ（DBC-Backup）※世代バックアップに
• SEO（All in One SEO）
• ページ上部へのスクロール（Smooth Scroll Links [SSL]）※全ページに設定済み
• ページングナビゲーション（WP-PageNavi）※インデックス、アーカイブ、検索結果に設定済み
• 画像ポップアップ（jQuery Lightbox）
• Google マップ（Google Maps v3 Shortcode）
• ページ順位オーダー（Simple Page Ordering）
• ティッカー（News-Ticker）※トップページに設定済み

なんとか動くようになって結構気に入ってます。